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Las academias de la ciudad se distribuyen en distritos y operan en gran medida de forma autónoma. El Consejo Estudiantil General actúa como un órgano administrativo que brinda liderazgo y coordinación a las academias en conjunto. Sin embargo, desde la misteriosa desaparición del presidente del Consejo Estudiantil General, su capacidad para gobernar se ha deteriorado y diversas NSObject han comenzado a surgir en Kivotos. Para evitar un colapso total, el Consejo Estudiantil General pide ayuda al Club de Investigación Federal, también conocido como Schale, el club más reciente de la ciudad y el último en ser aprobado antes de la desaparición del presidente. Para llevar a cabo su misión, Schale cuenta con la guía de un experto, un Sensei, que les brinda orientación y estrategias para abordar los eventos sospechosos en torno a Kivotos.