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La trama se centra en Jaden Yuki, quien se presenta a un examen para acceder a la Escuela de Duelos, donde se puede convertir en el rey de los juegos enseñando el Duelo de Monstruos. La institución se divide en cuatro departamentos: Obelisco Azul, Ra Amarillo, Slifer Rojo y Cuarto Blanco (utilizado por los seguidores de Sartorius, que solo aparece en la segunda temporada). Al llegar tarde al examen, Jaden se cruza con un adulto Yugi Muto, quien le entrega la carta Kuriboh Alado. Pese a su tardanza, se le permite realizar el examen de ingreso, enfrentándose a Dr. Crowler, uno de los profesores de la escuela de duelos, con un doctorado en duelos. A pesar de que Crowler parece tener la ventaja inicial, Jaden logra vencerlo y así obtener la admisión. Sin embargo, debido a sus malas calificaciones teóricas, Jaden es asignado a Slifer Rojo.